En Vueling (en Ryanair creo que pasa exactamente lo mismo), cuando vas a hacer el checking online que te pide nombres y apellidos, te dice que puede que no quepa todo, que con el primer apellido basta.
Mi nombre es compuesto y mi primer apellido es largo, asi que siempre me encuentro con ese problema.
Siempre he viajado en vuelos nacionales, sin facturar equipaje. Enseñando el DNI (que casi ni miran) y la tarjeta de embarque imprimida desde casa y listo.