Si tu única solución reside en hacerte autónomo, te diría que firmes un contrato con la empresa para tener derechos similares al empleado. Es decir, X días de vacaciones, X días de baja por enfermedad, bank holidays, Pension privada, notificación de cese de actividad, etc.
Esto no solo te interesará a ti, sino también a ellos, ya que es una forma de "aseguraros" que ni tu vas a dejarles tirados mañana ni que ellos te van dejar tirado de un día para otro...
Para eso se pillan un asalariado