Será algo exagerado, pero, has revisado el respiradero del tapón?
Puede que al bajar el nivel de la gasolina se haya creado un poco de vacío en el depósito y la gasolina no cae hacia el motor.
Despues de poner el tapón otra vez y repostar ,andaste con la moto algunos kilómetros o fue algo instantáneo tras poner el nuevo tapón?
Abre el tapón y a ver si arranca..